2016年5月1日起，納稅人銷售不動產(chǎn)改征增值稅了。增值稅是價外稅，轉(zhuǎn)讓不動產(chǎn)銷售收入不含增值稅；購進的不動產(chǎn)抵扣了進項稅，則增值稅稅款不計入房產(chǎn)原值；開發(fā)房地產(chǎn)，購進的貨物和服務的進項稅額可以抵扣，計算土地增值稅時增值稅金不可以扣除，可見計算土地增值稅的收入和扣除都和營業(yè)稅時代有所不同。那么營改增后，給土地增值稅帶了哪些問題呢？
一、43號文如何把握。
《財政部 國家稅務總局關于營改增后契稅 房產(chǎn)稅 土地增值稅 個人所得稅計稅依據(jù)問題的通知》（財稅[2016]43號，以下簡稱43號文）規(guī)定：“《土地增值稅暫行條例》等規(guī)定的土地增值稅扣除項目涉及的增值稅進項稅額，允許在銷項稅額中計算抵扣的，不計入扣除項目，不允許在銷項稅額中計算抵扣的，可以計入扣除項目”。房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)開發(fā)按照簡易計稅的項目，土地增值稅清算時，清算項目中的扣除項目因進項稅不能扣除，扣除項目的增值稅可以扣除容易把握。但對一般計稅項目，清算時，哪些進項稅專票可以扣除把握上，就存在問題：增值稅票管理權屬國稅機關，賬務上，企業(yè)已做抵扣的專票，可能會發(fā)生清算完成后，因各種原因，專票不能抵扣了，或者因客觀原因不能抵扣的專票經(jīng)總局稽核后又能抵扣，這種事后的變化，會導致清算結果難以準確，是其一；其二是，清算審核，意味著地稅機關需要對專票是否可抵扣進行審核，而增值稅發(fā)票由國稅局管理，按照目前的清算審核程序設計，地稅機關有超越管理權限嫌疑。
二、單位納稅人銷售取得的不動產(chǎn)計征土地增值稅時，附加稅如何計算，如何扣除。
《關于全面推開營業(yè)稅改征增值稅試點的通知》(財稅〔2016〕36號，以下簡稱36號文)及國家稅務總局2016年第14號公告，都規(guī)定除其它個人以外的納稅人轉(zhuǎn)讓取得的不動產(chǎn)都要在地稅機關預繳，然后在國稅局申報。當納稅人是一般納稅人時，銷售其取得的不動產(chǎn)采用一般計稅方法，按5%的預征率在地稅機關預繳后，向國稅機關申報繳納，自行開具增值稅發(fā)票。單位二手房交易的土地增值稅可扣的附加稅金如何確定？如果按照預繳的增值稅征附加稅扣除，金額確定，但法理上、邏輯都不完善，假定該納稅人除該二手房交易外，沒有其他業(yè)務發(fā)生，那么按11%申報繳納增值稅，扣除5%預繳部分，仍需補交6%增值稅，相應地，附加都需補繳，從土地增值稅法理上講，補繳的附加在計算土地增值稅時，均能予以扣除。但實務中，情況要復雜得多，單位納稅人本期申報繳納的增值稅中，包括了二手房在內(nèi)的其他應稅行為，當然也包括了其他應稅行為的進項稅金抵扣，所以本期扣除二手房預繳的增值稅后，應補繳的增值稅，已非完全是二手房所對應補繳的增值稅了，當然也可能本期銷項小于進項，無需補繳增值稅。不管哪種情形，在國稅當期申報繳納的增值稅，其補繳的附加，從金額上已經(jīng)很難確定哪部分可以歸到二手房交易土地增值稅扣除。而且，也不便于征管。因此，土地增值稅采取5%預繳增值稅隨征附加計算扣除，更符合實際。但需要高層次稅務機關進行明確，消除納稅人及基層執(zhí)法人員涉稅風險。
三、土地使用權轉(zhuǎn)讓涉及的土地增值稅如何操作需要進一步明確。
《中華人民共和國土地增值稅暫行條例》（中華人民共和國國務院令第138號）第二條規(guī)定：“轉(zhuǎn)讓國有土地使用權、地上的建筑物及其附著物（以下簡稱轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)）并取得收入的單位和個人，為土地增值稅的納稅義務人（以下簡稱納稅人），應依照本條例繳納土地增值稅”
納稅人只轉(zhuǎn)讓土地使用權，在計算土地增值稅扣除項目中的附加稅能不能扣除，認為不能扣的觀點，依據(jù)如下：營改增后轉(zhuǎn)讓土地使用權不在地稅局預繳增值稅，在地稅申報土地增值稅時沒有扣除稅金的憑證，當然不能扣，更因為增值稅的當期稅額是所有的銷項稅減進項稅，分不清哪是無形資產(chǎn)哪是不動產(chǎn)哪是貨物的稅，所以就沒有對應的附加稅。
認為可以扣附加稅的觀點認為，在國稅交增值稅，就要在地稅局申報附加，無論是一般計稅方法還是簡易計稅方法，轉(zhuǎn)讓土地使用權都是不常發(fā)生的行為，只就該業(yè)務來說，可以計算出附加稅。能計算出附加稅就應該在計算土地增值稅時扣除。
納稅人轉(zhuǎn)讓土地使用權在國稅辦還是在地稅辦也有分歧。
36號文附件1第五十一條規(guī)定：“ 營業(yè)稅改征的增值稅，由國家稅務局負責征收。納稅人銷售取得的不動產(chǎn)和其他個人出租不動產(chǎn)的增值稅，國家稅務局暫委托地方稅務局代為征收”。
36號文附件1的附件第二條第1項，第三項分別規(guī)定：“銷售無形資產(chǎn)，是指轉(zhuǎn)讓無形資產(chǎn)所有權或者使用權的業(yè)務活動。無形資產(chǎn)，是指不具實物形態(tài)，但能帶來經(jīng)濟利益的資產(chǎn)，包括技術、商標、著作權、商譽、自然資源使用權和其他權益性無形資產(chǎn)”；“自然資源使用權，包括土地使用權、海域使用權、探礦權、采礦權、取水權和其他自然資源使用權”
36號文附件1的附件第三條第４項規(guī)定：“轉(zhuǎn)讓建筑物有限產(chǎn)權或者永久使用權的，轉(zhuǎn)讓在建的建筑物或者構筑物所有權的，以及在轉(zhuǎn)讓建筑物或者構筑物時一并轉(zhuǎn)讓其所占土地的使用權的，按照銷售不動產(chǎn)繳納增值稅”
